さくらクラウドがデータロストとか何か大変なことになっているみたいですね。
私はさくらクラウドではなく5年くらい？使っている別のVPSなんですが、自宅サーバに定期的にバックアップを取るようにしています。自慢ではないですが、その昔、FreeBSDベースの激安VPS屋さんに「夜逃げ」されたことがありますんで。勉強にはなりましたけど。
私の場合、やり方は詳しく書きませんが、
常時稼働している自宅サーバがあるので、自宅サーバに外付けUSBディスクをマウントしておいて、自宅サーバからcronで毎日一回、rsyncでVPSの所定のディレクトリと外付けディスク上のディレクトリを同期を取っています。rsyncは元のディレクトリが削除されたら削除するよう、–deleteオプションをつけて実行しています。ログインパスワードを聞かれないように事前にパスワードなしでログインできるように鍵の設定をしておきます。
んで、rsyncで自宅サーバからVPSへ取りに行く時にパーミッションの問題とかでつまづくこともあるので、容量とセキュリティに問題があるかとは思うのですが、VPS上で別のcronを回して、任意のユーザーのhomeディレクトリに、バックアップしたいコンテンツデータやらデータベースのデータをコピー→パーミッションを自宅サーバからVPSにアクセスした時のユーザーで読み取れるように変更したものを、そのcronが終わるであろう時間帯に自宅サーバから取りに行くようにすることで、何かあったとしても最低限復旧できるようなデータは手元に残すようにしています。
