フラグファイルがあればWinSCPのスクリプトを実行するサンプル

タスクスケジューラで定期的に回しておき、ファイル欲しくなったら、ポンとフラグファイル置いてダウンロードとか。
※WinSCPのconfファイルの中身は省略しています。

@echo off
if exist "C:\temp\FLG.txt" (
  "C:\Program Files (x86)\WinSCP\winscp.exe" /console /log="c:\temp\log.txt" /script="c:\temp\winscp.conf"
) else (
  echo FLGファイルがありません
)